木腐型食用菌以前采用段木栽培法，現已改用“代料”栽培，所謂“代料”，是指代替段木栽培木腐型食用菌的各種有機物。代料栽培食用菌，不僅可以保護林木，而且具有生產周期短、生物學效率高、便于工廠化生產等優點。生物學效率是指食用菌鮮重與所用的培養料干重之比，常用百分數表示。如100kg干培養料生產了80kg新鮮食用菌，則這種食用菌的生物學效率為80%，生物學效率也稱為轉化率。利用農林業的秸桿、枝杈及釀造工業的副產品栽培食用菌，還可以消除環境污染，因此，食用菌產業是一項利廢為寶、化害為利的有機物轉化途徑。食用菌栽培技術
　　如果在農作物的栽培過程中過量使用化肥，將造成具有致癌作用的N-亞硝胺的前體硝酸離子（NO3-）和亞硝酸離子（NO2-）的含量在農產品中大幅超標。施用有機肥料，發展綠色農業或有機農業是當今農業的發展趨勢。有機農業絕對禁止使用化肥和化學農藥。但由于化肥效益明顯和施用方便，所以農民不愿生產和使用有機肥。生產食用菌后的菌糠粗蛋白含量高于10%，其它肥用指標（N，P2O5和K2O）也達到或超過了人糞尿、豬糞和牛糞（表2），是優質的有機肥料。栽培食用菌的同時就生產出了大量優質的有機肥。施用這種有機肥料，農作物中的硝酸鹽和亞硝酸鹽含量將會降低，消費者可得到更安全的農產品。所以，發展食用菌產業不僅可以致富，而且還能減少農作物秸桿的剩余量和促進有機農業的發展。